公元7世纪，佛教由印充和中原两地传入日强盛的吐蕃王国。两地传入的佛教都带有浓厚的自自己土的文化色彩，虽然兴盛一时（当时被称为吐蕃佛教的前弘期），但毕竟还未能与已经成为吐蕃本土宗教的苯教相融合，带有浓厚的外来文化的色彩。

　　公元838年，吐蕃赞普朗达玛下令灭佛，封闭和拆毁寺院、佛像，强迫僧人还俗，杀害反抗的高级僧人，烧毁经收文物，佛教的西藏的流传基本中断。一些分散的民间的带发修行的教徒的灭佛中得以幸免，他们以侄、父子口授心传的方式继续秘密传播佛法。鉴于禁佛的教训，他们和苯教之中，因而他们宏传的密法带有更多的本土文化色彩。至11世纪后期，宁玛派的创始人将密法归类整理，形成完整的宗教体系。这个佛教宗派就称为宁玛派（意译为旧教派）。

　　公元978年以后，在吐蕃边地复燃的佛教星火，分别从边远的阿里和多康先后回传卫藏地区。除宁玛派之外，玛尔巴创建的噶举派也是一个重要的宗教流派，玛尔巴和他的徒弟米交接班日巴的事迹中，我们不难看到，噶举派既反对苯教，又与苯教有着难以割舍的渊源。藏语“噶”是“佛语”的意思，“举”意为“传承”。“噶举”就是口、耳相传，是这个教派的得要特征。此外，反对经教讲说，主张独居苦修，也是噶举派祖师米拉日巴的重要思想，成为噶举派的重要特征。或是举派因为祖师玛尔巴和米拉日巴着白衣、白帽，所以也被俗称为“白教”。

　　噶玛噶举派是噶举派中的一支，创建于12世纪中叶。1147年，噶举派高僧都松饮巴在康巴地区的噶玛地方噶玛丹萨寺，在康区收徒千人，形成噶举派的一个独立支系。他的继承人都被加上“噶玛巴”的称谓，所以被称为噶玛噶举派。都松饮巴的再传弟子噶玛拔西，10岁时就被确认为都松钦巴的转世，他在康区广泛传教，信徒盈门。1256年，噶玛拔西受蒙古大蒙哥赏赐黑色僧帽一顶和金印一颗，钦定其为都松钦巴转世，开创了藏传佛教的活佛转世制度，形成噶玛噶举派黑帽系。黑帽系延续至今，1992年噶玛巴·邬坚赤列多吉经国务院批准，在楚布寺坐床，成为第十七代黑帽系活佛。　

　　黑帽系三世活佛噶玛巴·让迥多吉的弟子扎巴僧格于14世纪初受元皇帝赐给红色僧帽一顶。1333年，在楚布寺东建乃东寺，另立道场，成为红帽系。红帽系活佛却珠嘉措因勾结郭尔喀侵藏，兵败后畏罪自杀。清乾隆皇帝下令禁止红帽系活佛转世，僧人全部被强迫改宗格鲁派。

　　格鲁派是由宗喀巴于1409年创建的藏传达室佛教宗派，以同年在拉萨建成的甘丹寺为主寺。元代，格鲁派就掌握了西藏地方政权，清代顺治年间，格鲁派的两大领袖达赖和班禅分别受到中央政府的册封。格鲁派在使西藏归入中国版图，巩固中国中央政府对西藏的管辖，起到了积极的作用。因为格鲁派僧人习惯带黄色僧帽，因此又被俗称为“黄教”。